Creció desarrollando un amor cierto por la naturaleza y hasta que sea mayor, durante los momentos más pesados de su vida fueron cazar o pescar sus distracciones más apreciadas. A este entusiasmo por la naturaleza se añadió un apasionamiento por las ciencias y las artes: amaba la música, la literatura y la pintura.
Cuanto contaba 7 años su educación pasó a manos de maestros y preceptores elegidos por el propio Emperador y así empezó un amplio programa de instrucción y educación, orientado en particular por el libro de Erasmo : La educación de un príncipe cristiano (1516).
Sin embargo, según Henry Kamen ( historiador británico, autor de una serie de biografías de los reyes españoles ) aunque su educación fue bastante buena, Felipe fue un alumno que tuvo dificultades : ”Como alumno, el Príncipe no era ni un modelo ni, mucho menos, sobresaliente. Su manejo del latín siempre fue regular, su estilo literario, en el mejor de los casos, mediocre, y su caligrafía siempre generalmente deficiente. Educado como un humanista, nunca llegó a serlo”.
Los relatos nos enteran de que especialmente el dominio de las lenguas extranjeras modernas fue bastante descuidado y eso le perjudicó más tarde en el ejercicio de su función de Emperador en cuenta la dimensión y variedad de sus reinos ( por ejemplo en 1555, en Bruselas, en el momento de leer el discurso que debía pronunciar en francés cuando recibió la soberanía de los Países Bajos ) . Así, Felipe hablaba español y portugués y también latín para entenderse. Leía un poco de italiano y francés pero no sabía hablar este idioma, tampoco lo dominaba el alemán.
Es de saber que ya desde muy joven fue preparado para ser rey, y el propio Carlos V le educó y preparó a la política y diplomática dejándole como regente durante sus ausencias en 1543 y 1551.
Durante su juventud vivió 12 años fuera de España, estuvo en Suiza, Inglaterra, Flandes, Portugal, etc…Realizó en particular lo que se llamó “el felicissímo viaje” por Italia , los Paises Bajos y Alemania en el que es presentado a toda Europa.
El día de la abdicación de su padre en Bruselas , se convierte en la persona más poderosa del planeta.