Nació el 21 de mayo de 1527 en Valladolid. Hijo de Carlos I y de Isabel de Portugal. Instruido desde muy joven por Juan Martínez Silício y Juan de Zúniga.
Su padre decidió abdicar en Felipe, en 1555-1556. Por lo que, tras viajar por Italia y los Países Bajos y ser reconocido como sucesor regio en los estados flamencos y por las Cortes castellanas, aragonesas y navarras, se dedicó plenamente a gobernar desde la corte madrileña con gran actividad y celo. Su reino se baso en consejos y secretarios reales y con una gran administración centralizada. Pese a todo su poder, las bancarrotas, las dificultades hacendísticas y los problemas fiscales fueron característicos durante todo su reinado. Su recurso al Tribunal de la Inquisición fue frecuente. Políticamente dicho tribunal fue utilizado para acabar con los conatos de protestantismo descubiertos en la Meseta castellana. Así, la unidad religiosa estaba tan presente en todos los aspectos de la vida de Felipe II que con todo rigor se valió de los autos de fe celebrados en Valladolid para afianzar la Contrarreforma católica. A la vez, los piratas berberiscos asolaban las costas mediterráneas. Aunque la expedición naval de García de Toledo consiguiera la victoria en Malta (1565), el problema morisco estaba en el interior. Los moriscos de las Alpujarras granadinas protagonizaron la principal sublevación, que no terminaría hasta que don Juan de Austria les derrotó (1569-1571).
El secretario Antonio Pérez influyó notablemente en los negocios públicos hasta su caída en 1579. Además, en 1568 moría el príncipe Carlos, que había sido arrestado debido a sus contactos con los miembros de una presunta conjura sucesoria promovida por parte de la nobleza contra Felipe II. En ambos puntos empezó a afianzarse la ‘leyenda negra’ antiespañola y buena parte de los problemas internos de su reinado.
Felipe II modernizó y reforzó la administración de la Monarquía Hispana, apartándola de las tradiciones medievales y de las aspiraciones de dominio universal que había representado la Monarquía Católica de su padre. Los órganos de justicia y de gobierno sufrieron notables reformas, al tiempo que la corte se hacía sedentaria (capitalidad de Madrid, 1560). Desarrolló una burocracia centralizada, sobre la cual ejercía una supervisión directa y personal de los asuntos.
Pero las cuestiones financieras le sobrepasaron, dado el peso de los gastos militares sobre la maltrecha Hacienda Real; en consecuencia, Felipe hubo de declarar a la Monarquía en bancarrota en tres ocasiones (1560, 1575 y 1596). Alrededor del rey se disputaban el poder dos «partidos»: el del duque de Alba y el que encabezaron primero el príncipe de Éboli y más tarde Antonio Pérez; las luchas entre ambas redes se exacerbaron a raíz del asesinato del secretario Escobedo (1578), culminando con la detención de Pérez y el confinamiento de Alba. Desde entonces hasta el final del reinado, dominó el poder el cardenal Granvela, coincidiendo con la época en que, gravemente enfermo el rey, se alejó de los asuntos de gobierno y delegó en Juntas de nueva creación.
En política exterior, el reinado de Felipe II se inició con la liberación de la Corona de las responsabilidades imperiales (1556), el abandono del proyecto de unión con Inglaterra por la muerte de María Tudor (1558) y las victorias militares de San Quintín (1557) y Gravelinas (1558), que pacificaron temporalmente el recurrente conflicto con Francia (Paz de Cateâu Cambrésis, 1559).
En consecuencia, Felipe II pudo orientar su política hacia el Mediterráneo, encabezando la empresa de frenar el poderío islámico representado por el Imperio Turco; esta empresa tenía tintes de cruzada religiosa, pero también una lectura de política interior, pues Felipe hubo de reprimir una rebelión de los moriscos de Granada (1568-71), musulmanes de sus propios reinos que habían apelado al auxilio turco. Para conjurar el peligro formó Felipe la Liga Santa, en la que se unieron a España Génova, Venecia y el Papado. La resonante victoria que obtuvieron sobre los turcos en la batalla naval de Lepanto (1571) quedó reafirmada en los años posteriores con las expediciones al norte de África.
A finales de la década de 1570, distraída la atención de los turcos por la presión persa en el este, disminuyó la tensión en el Mediterráneo. Ello permitió a Felipe reorientar su política hacia el Atlántico, para atender a la grave situación creada por la sublevación de los Países Bajos contra el dominio español, alentada por los protestantes desde 1568; a pesar del esfuerzo militar que dirigieron, sucesivamente, el duque de Alba, Requeséns, don Juan de Austria y Alejandro Farnesio, las provincias del norte de los Países Bajos se declararon independientes en 1581 y ya nunca serían recuperadas por España.
La orientación atlántica de la Monarquía se acrecentó en 1581, al incorporar el reino de Portugal, aprovechando una crisis sucesoria en la que Felipe II hizo valer sus derechos al Trono mediante la invasión del país, que le convirtió en Felipe I de Portugal. En aquel momento alcanzó la Monarquía su mayor expansión territorial, añadiendo a sus dominios europeos las colonias españolas y portuguesas en América, África, Asia y Oceanía, hasta constituir un imperio en el que «no se ponía el sol».
Aprovechando las guerras de religión, Felipe se permitió también intervenir en 1584-90 en la disputa sucesoria francesa, apoyando al bando católico frente a los protestantes de Enrique de Navarra (el futuro Enrique IV), circunstancia que aprovechó para intentar sin éxito poner en el Trono francés a su hija Isabel Clara Eugenia (nacida del tercer matrimonio de Felipe, con la hija de Enrique II de Francia, Isabel de Valois).
La mayor presencia española en el Atlántico acrecentó la tensión con Inglaterra, manifestada en el apoyo inglés a los rebeldes protestantes de los Países Bajos, el apoyo español a los católicos ingleses y las agresiones de los corsarios ingleses contra el imperio colonial español (protagonizadas por Drake); todo ello condujo a Felipe a planear la invasión de la isla por la Armada Invencible, empresa que fracasó estrepitosamente en 1588, iniciando el declive del poderío español en Europa. Coincidió éste con la vejez y enfermedad de Felipe II, cada vez más retirado en el palacio-monasterio de El Escorial, que había hecho construir en 1563-84.
Al morir le sucedió Felipe III, hijo de su cuarto matrimonio (con Ana de Austria); el primer heredero varón que tuvo (el incapaz príncipe Carlos, hijo de su primer matrimonio con María Manuela de Portugal) había muerto muy joven encerrado en el Alcázar de Madrid y, según la «leyenda negra» que alentaban los enemigos de Felipe II, por instigación de su padre.