Pese a una vida dedicada a la carrera militar en favor de la Corona Española al mando del rey Felipe II, el final de la vida de Alejandro Farnesio estuvo unido a un gran numero de hostilidades por parte del rey.
Tal y como se afirma en el libro: “ El cronista Antonio de Herrera y la historia de Alejandro Farnesio por C. Pérez Bustamante; Madrid,1933”, los últimos años de el Gran Capitán Alejandro Farnesio están marcados por los problemas, así pues Felipe II dudando de la Fidelidad de Farnesio, reclama los archivos y documentación.
Alejandro enfermo por una herida en el brazo, ordenó numerosos pagos para la campaña de Francia, que eran codificados por su secretario Cosimo Masi, Felipe II dudaba de su lealtad y aprovechando tal situación sus enemigos expandieron calumnias, Alejandro Farnesio se apresuro a pedir al pagador tales documentos pero murió sin lograr reunirlos.
El secretario de Farnesio envió todos los documentos a Parma, pero tan pronto murió Alejandro Farnesio el rey reclamó tales archivos y el leal secretario pidió a Ranucio I, hijo de Farnesio y sucesor de los países bajos, que reservara aquellos archivos descifrados y no los enviara al rey.
Así pues, se quedo en Parma la correspondencia más confidencial de Farnesio,pues Ranucio quería guardar la honra de su padre, no solamente por ser su padre sino por el daño que estas calumnias traerían a su futuro y ambición como gobernador de los Países Bajos.
Así pues podemos observar que una vez muerto Alejandro Farnesio, se dará inicio a un nuevo relato sobre su vida, un relato lleno de calumnias, donde sus gloriosas hazañas se mantendrán en un segundo plano, para dar lugar a una historia llena de acusaciones por parte de sus enemigos, críticas que intentara sofocar Ranucio I más que por amor y lealtad a su padre, por intereses propios.