Su siguiente hecho de armas destacable fue sofocar la rebelión morisca en las Alpujarras andaluzas. Esta sublevación fue producto de un decreto en la que se limitaba las costumbres de los moriscos establecidos en España.
A partir de 1492, con la firma de la paz entre los Reyes Católicos y el rey Boabdil, se van produciendo conversiones forzadas, pero muy lentamente. Se intenta que las conversiones sean más intensas y para ello se dictan prohibiciones de usos y costumbres de los moriscos que van deteriorando la situación. En 1526 Carlos I les exige que se conviertan o se vayan a Berbería, pero la protección de los señores a los que servían evitó que esta medida fuera eficaz. En 1567 se publica una dura Pragmática en la que entre otras cosas se les prohíbe el uso de su propia lengua a partir de tres años, y de inmediato en los contratos y escrituras; se les prohíbe también el uso de sus vestidos habituales, los baños y abluciones y sus usos y costumbres; y se les impone que las mujeres lleven la cara descubierta, y el cambio de apellidos moros por cristianos. En definitiva, se les impone que renuncien a todas sus señas de identidad.
Los moriscos se rebelan en el Albaicín y nombran rey de Granada y de Córdoba a Don Fernando de Córdoba y Valor, cargo importante de Granada y descendiente de los Omeyas, con el nombre de Aben Humeya. La revuelta se extiende por las Alpujarras, zona muy apropiada por su orografía. Reciben ayuda y soldados de Argel. Los rebeldes eran entonces unos 150.000, de los cuales sólo entre 30 y 45.000 estaban en condiciones de luchar por falta de armas. Llevan a cabo toda clase desmanes, queman iglesias, asesinan sacerdotes, y matan y destruyen todo lo que les huela a cristiano.
El conflicto amenazaba toda la estructura del Imperio, al abrir una falla en su interior que bien podía ser aprovechada por los enemigos de España, como el Imperio Turco, que daba soporte económico y moral a los musulmanes sublevados.
En 1570, el rey, cansado de la situación encarga a Don Juan la represión de la sublevación. Don Juan desaloja a los moriscos de las tierras bajas para sitiar a los rebeldes en las montañas y consigue reducirlos. Por ambas partes se cometen saqueos y pillajes. Es una guerra cruel. No olvidemos que los moriscos se consideraban igual de propietarios de aquellas tierras que los cristianos después de vivir en ellas durante casi ocho siglos. Posteriormente los moriscos fueron dispersados por toda España hasta su expulsión definitiva.
El 1 de Noviembre Don Juan ordena la deportación. Son unas 50.000 personas, según otros, 100.000, los que tienen que abandonar sus tierras y lo hacen en muy malas condiciones, lluvia, nieve, niebla… Son sustituidas por unas 60.000 que se desplazan a Granada desde otros lugares de la Península.
Ya terminada la guerra, la vida de Don Juan continua, pasando unos alegres días en Granada donde Doña María de Mendoza se reúne con él y es concebido su segunda hija María Ana de Austria.
En esta batalla, el infante ha demostrado sus dotes bélicos, y con la posterior deportación de los rebeldes, su sabiduría política y su capacidad logística pese a su juventud.
