Lepanto fue la gran batalla que dio fama internacional a Don Juan. Ya que España era el mayor socio de la Santa Alianza, tenia la potestad de nombrar al líder de la expedición, y este cargo fue a parar a Don Juan.
La Santa Alianza surge como el intento desesperado de frenar la expansión turca por el mediterráneo, que amenazaba las posesiones españolas en Italia, así como a la misma Roma o a la República de Venecia. Por lo tanto, estos tres estados formalizaron una alianza para contener al Turco. El rey de España impuso a Don Juan de Austria.
La formación de la Liga se firma en Mayo de 1571.
La Armada española se componía en total de 106 galeras, 26 naves y 76 fragatas y 91.000 soldados en total, mientras que la flota turca, disponía de 220-230 galeras, 50-60 galeotas y entre hombres y remeros 120.000.
Luchan cuerpo a cuerpo, y tras dos horas de lucha aún está la victoria sin decidir. Don Juan, rodeado de sus leales, lucha también cuerpo a cuerpo, consiguiendo llegar hasta Alí Bajá matandolo de un disparo. Un soldado le corta la cabeza y se la entrega a Don Juan. Se había conseguido la victoria. La batalla había durado cinco horas.
El triunfo se había conseguido, además de por el valor y el coraje de los soldados españoles, por la potencia de fuego de las naves venecianas, por el genio marítimo de Don Juan y por su capacidad de escuchar a los demás y tomar finalmente por si mismo las decisiones.
La victoria supuso el freno al imperialismo otomano, la obtención de un gran botín de armas y galeras, y un gran impacto en la Cristiandad dada la relevancia del número de galeras turcas destruidas y capturadas.
Nada más terminar la batalla, los turcos comienzan a renovar su flota.
El tiempo pasa, y el rey no se decide en reemprender la guerra con los turcos. Don Juan no lo entiende. Sin embargo hay que tener en cuenta que el rey tiene una visión mucho más general. Los franceses alejan a Venecia de la Liga, apoyan la rebeldía en Flandes y proponen a los turcos una alianza contra España. Las arcas reales están vacías. Don Felipe tiene demasiados frentes abiertos y teme ser atacado simultáneamente por turcos, franceses, ingleses y hugonotes en Flandes. Da orden de suspender la operación contra el turco.
En 1573, Venecia firmó la paz por separado con los turcos. La Liga santa quedaba rota.