La victoria de Lepanto transformó a don Juan de Austria en un héroe en el territorio europeo. Al tiempo, y fruto de sus innegables campañas militares, reforzó su deseo de poseer un reino propio, así como el tratamiento de alteza que siempre se le había negado.
En 1572, una delegación de albaneses ofreció a don Juan el trono. Lo consultó con su hermano el rey, quien le indicó que declinase la oferta, pero que no dejase las relaciones con los albaneses.
Al año siguiente, la República de Venecia firmó la paz por separado con los turcos. La Liga santa quedaba formalmente rota. Ahora, la armada española podía seguir sus propios objetivos, y don Juan no desperdició la ocasión, pues pidió autorización para emprender la conquista de Túnez. Desde La Goleta, fuerte ocupado por un aliado de los españoles, tomó Túnez en una rápida campaña en el mes de octubre de 1573.
Nuevamente se ofrecía la posibilidad de un reino propio, esta vez conquistado por él mismo. Sus ambiciones no eran desconocidas, pues el propio papa Gregorio XI se dirigió al rey Felipe II a principios de 1574, pidiendo que a don Juan se le invistiera del título de Rey de Túnez. La respuesta fue negativa, aunque el rey aseguró que los méritos de su hermano no dejarían de recompensarse.
Era evidente que Felipe II no llegaba a confiar plenamente en las intenciones de su hermano. Utilizó a su secretario, Antonio Pérez,, como medio para conocer y controlar las ambiciones de don Juan. Pérez le proporcionó fondos para la flota, y se atribuyó el haberle conseguido el puesto de vicario general en Italia. La permanencia de don Juan en Italia, sin embargo, favoreció que Uluch Alí recuperara Túnez. En estos momentos, la ambición de don Juan de Austria era ya otra: la invasión católica de Inglaterra, el matrimonio con María I Estuardo y conseguir de esa manera un reino propio.
Don Juan deseaba ir a Madrid a tratar personalmente el asunto. Pero el rey le ordenó quedarse como vicario general en Italia, donde desarrolló durante todo este año una política de pacificación de las ciudades enfrentadas. Recorrió toda la península italiana, desde Sicilia hasta Lombardía. A finales de ese año, don Juan vio sustituido a su secretario personal, Juan de Soto, por Juan de Escobedo, secretario del Consejo de Hacienda desde 1566 y persona vinculada a Antonio Pérez, quien de este modo pretendía conocer más detalladamente los actos y pensamientos de don Juan. Además, el rey Felipe II conoció durante años el contenido de la correspondencia, supuestamente privada, entre Antonio Pérez y don Juan de Austria, pues la supervisaba e incluso corregía, animando las críticas hacia su persona, para de este modo conocer los pensamientos y planes de don Juan de Austria.