Los descubridores de América pronto se transformaron en colonos crueles y codiciosos. Las poblaciones que les resistían eran esclavizadas, y las que se sometían eran divididas en encomiendas. Se justificaba la explotación de los indios diciendo que los indios eran incapaces de gobernarse e incluso eran incapaces de la fe cristiana.
En 1511, el dominico Antonio de Montesinos (1475-1540), en Santo Domingo, es el primero que va denunciando la explotación a la que eran sometidos los indígenas de La Española. Revendica su dignidad como hijos de Dios. El sermón de Montesinos, que tuvo una gran repercusión en todo el Caribe, determinó la vocación de Bartolomé de Las Casas (1474-1564), el «apostol de los indios». Estos dos hombres fueron los primeros a defender la libertad del indio y permitieron la creación de leyes para protegerlo (ver las Leyes de Burgos y las Leyes Nuevas de Indias). Entonces los primeros defensores de los indios fueron misioneros, franciscanos o dominicos. Cabe notar que otros misioneros defendieron los intereses de los indios tales como Francisco de Vitoria (1483/1486-1546) o Toribio de Benavente (1482-1569).
Más tarde los jesuitas también contribuyeron en la protección de los indios ya que su misión era evangelizarlos y protegerlos. Citamos por ejemplo el Padre José de Acosta (1540-1600).
En el siglo XIX, la filosofía de la Ilustración y la difusión de las ideas liberales tuvieron gran influencia sobre América que logrará por fin ganar su Independencia en 1898. Desde entonces, la defensa del indio será conocida bajo el término de Indigenismo, lo cual conoció su apogeo a principios del siglo XX, y sigue existiendo hoy en día.