En algún grado, la locura de Aguirre se ha desatado completamente. En calidad de líder único e indiscutible, llegó incluso a diseñar una bandera típicamente suya, compuesta por dos espadas cruzadas que goteaban sangre. Un estandarte más que apropiado para quien había derramado tantos litros de líquido vital de compañeros y superiores.
Durante ese momento de la jornada, El Dorado había quedado ya olvidado por completo. El único oro que interesaba a Aguirre se hallaba en el Perú, a donde quería regresar.
Pero antes, con sus hordas, llegó a isla Margarita de Venezuela, donde volvió a desatar toda su crueldad. Los asesinatos se volvieron a suceder y Lope, con sus hombres se lanzó al saqueo y la tremenda destrucción. Pese a estos excesos, Aguirre no dejó de practicar las purgas entre sus propios hombres. Teniendo miedo a nuevos intentos de derrocarle, fue eliminando a los que le parecieron sospechosos de conspirar contra él.
En este punto, Lope de Aguirre era totalmente consciente de que la Coronahabía puesto precio a su cabeza. En un gesto inesperado y un tanto puro, Lope redactó la importante carta a Felipe II, en la que reivindica y reafirma su rebeldía, como hemos mencionado un poco antes, despachándose a gusto con el monarca, a quien acusa del lamentable estado de las Indias, denunciando la gran corrupción que alcanza a casi todos los estamentos de la Corona, y mientras tanto, reprochando el olvido que padecieron los que dieron su vida por su rey:
“Nos dé Dios gracia que podamos alcanzar con nuestras armas el precio que se nos debe, pues nos has negado lo que de derecho se nos debía. Hijo de fieles vasallos en tierra vascongada y rebelde hasta la muerte por tu ingratitud, Lope de Aguirre, el Peregrino”.
Pese a que, en la carta, Aguirre hizo una amenaza a Felipe II con “la más cruda guerra”, fue muy poco lo que podía hacer ante las tropas realistas. Hallándose en las cercanías de Barquisimeto de Venezuela, los soldados del Felipe II le dieron caza después de que la mayoría de sus hombres le abandonara con el intento de lograr el perdón real. Según algunos cronistas, antes de caer, Lope mató a su hija Elvira, diciéndole: “Mejor morir ahora como hija de rey que después como hija de traidor y como puta de todos”. Un poquito después, le alcanzaban dos disparos de arcabuz. Uno de sus hombres, Custodio Hernández, le dividió la cabeza de un certero tajo. Como castigo ejemplar, los hombres del rey mutilaron el cadáver de forma cruel y horrible: le cortaron las manos y la cabeza, quedando ésta expuesta por días como castigo público a posibles imitadores.
Pues la vida de Aguirre terminó de esta manera y con ella llegó el final a una desquiciante expedición que había partido en búsqueda de nuevas tierras, riquezas y oro, sin embargo, sólo cosechó sangre y dolor. En la nómina de muertes atribuidas al tirano, Lope de Aguirrre, se acumulaban por lo menos 72 almas. ¡Qué historia!