En  mayo de 1534  la madre de María Tudor fue trasladada al castillo de Kimbolton, ubicado en el condado de Cambridgeshire. El año anterior, el matrimonio del rey con la reina Catalina había sido declarado nulo y Enrique había desposado a Ana Bolena, quien había dado a luz a un niña en septiembre .

El trato de Catalina dejó de ser el de Reina para recuperar el título de Princesa Viuda de Gales, pues se la siguió considerando viuda de Arturo Tudor. Todo aquel que tratase a Catalina como Reina sufriría represalias y los pocos sirvientes que estaban en la corte de Catalina fueron advertidos de que cada vez que se refiriesen a ella bajo el título de “reina” su sueldo sería rebajado. Sin embargo, Catalina se negaba a tratar con los sirvientes que no le dispensasen el trato que ella merecía, por lo que acabó prácticamente confinada a sus aposentos por voluntad propia.

A la Princesa Viuda de Gales se le permitió recibir visitas ocasionales pero, sin embargo, se le prohibió la visita de la única persona que la podía reconfortar en su “destierro” , su hija María. El rey les ofreció la oportunidad de poder reunirse siempre y cuando reconociesen a Ana Bolena como reina y ambas, madre e hija, se negaron en rotundo. La comunicación entre María y Catalina fue imposible, ya que se les prohibió también enviarse cartas, aunque parece que los partidarios de ambas actuaban de emisarios entre ellas. Además, cabe destacar en ese sentido la figura del nuevo embajador imperial Eustaque Chapuys que se convertirá en uno de los pocos “amigos” preocupados por el destino de Catalina y de su hija.

En la primavera de 1535 Catalina es informada de que su hija está enferma y escribe al rey desde el castillo de Kimbolton. Enrique VIII se niega a permitir que Catalina visite a María pero acepta que el doctor de esta visite a María, ya que la hija de los Reyes Católicos había prometido además que no había ningún plan para que María huyese (cosa que sí estaba siendo gestada por Chapuys) a España.

Todos los que apoyaban a Catalina cayeron en desgracia durante el verano del año  1535, cuando en un intento por consolidar la nueva religión, Fisher y Moro, que permanecen fieles al papado, son condenados a muerte. En ese sentido es muy reveladora la frase de Moro “muero, buen servidor del rey, pero en primer lugar de Dios”. La frase que más pronunciaba Catalina durante su estancia en Kimbolton era que debía obedecer al Rey en todo lo que fuera en contra de la ley de Dios.

Con las muertes de sus partidarios, Catalina empezó a preguntarse si ella estaba preparada para el martirio. En cualquier caso nunca barajó la posibilidad de atacar al rey sino que simplemente escribió al Papa para pedirle que actuase en Inglaterra porque ” Si no pone un remedio pronto, no se pondrá fin a las almas perdidas y a los santos martirizados”. También escribió a su sobrino pero no recibió respuesta debido a los acontecimientos que suceden ese otoño en el suelo italiano.

A partir de otoño, Catalina de Aragón cae enferma aunque parece que se recupera. Durante las navidades de 1535-1536 la primera esposa de Enrique VIII enferma de nuevo y no se recuperará. Una de sus antiguas damas y quizá su más fiel amiga, María de Salinas, regresa al lado de Catalina. Chapuys abandona Kimbolton el día de Epifanía dejando a una Catalina algo recuperada. Esta recuperación es momentánea ya que esa misma noche su salud empeora tanto que sus damas temen que no llegue a la primera misa y llaman al confesor. Catalina les prohíbe adelantar la celebración litúrgica que se celebra a la hora establecida y después de ella escribe sus dos últimas cartas, una a su sobrino y otra a Enrique. En esta última carta encontramos el siguiente fragmento:

Por mi parte, os lo perdono todo, y deseo rezar a Dios para que os perdone también. Por lo demás os encomiendo a nuestra hija María, suplicándoos que seas un buen padre para ella, como siempre he deseado.

La noticia de su muerte llega a Londres el 9 de enero de 1536 y parece que causó una gran alegría en el rey que se vistió de amarillo chillón y confesó su gran alegría pues “ahora que la vieja bruja ha muerto no hay temor de guerra en Inglaterra”. Se pensó en aquel momento que Catalina podía haber sido víctima de algún tipo de envenenamiento pero esta teoría parece no sostenerse ya que la hija de los Reyes Católicos no tomaba ningún alimento que no fuese preparado delante suyo. La teoría actual es que posiblemente sufriría algún tipo de cáncer.