Tras ganarse el título de Caballero de la Orden de Malta regresó a España con la intención de ingresar en la Real Compañía de las Guardias Marinas, escuela naval militar. Tras enviar la solicitud de ingreso pasaron seis meses hasta que fue admitido, en 1730. Durante la espera, Jorge Juan asistía como oyente a las clases, lo que le otorgó cierta ventaja.
La Academia, al situarse en Cádiz, lugar de entrada de las nuevas ideas procedentes de la Europa ilustrada, conocía y divulgaba las modernas teorías de pensadores como Newton. Impartía novedosos estudios técnicos como geometría, trigonometría, hidrografía, cartografía, navegación, etc. que se completaban con numerosas expediciones por el Mar Mediterráneo, con lo que el resultado eran excelentes técnicos para la Armada.
En 1734, con 21 años de edad, Jorge Juan finalizó sus estudios en las Guardias Marinas; y muy satisfactoriamente, ya que con su fama de alumno avanzado se ganó el mote de Euclides. Tras salir de la Academia, aceptaría una tarea que le pondría rumbo a Perú.
Referencia: HERRERO I JOVER, Pau. http://www.jorgejuancentenario.com/jorge-juan/biografia