Don Juan de Austria nació en Ratisbona, en 1545, fruto de la unión entre el emperador Carlos V y de Bárbara Blomberg, soltera.
Fue bautizado como Jerónimo, pues su madre al poco tiempo de dar a luz se casó con Jerónimo Píramo Kegell (Jerôme Pyramus Kegel), por lo que es posible que el nombre derivara del de su padrastro.
Sus primeros años de vida los pasó en España como decisión de su padre Carlos V. Fue educado por el matrimonio formado entre Francisco Massy y Ana de Medina, la cual era española. A mediados de 1551 llegaron a Leganés, donde Ana de Medina tenía varias tierras.
Tres años más tarde, fue enviado al castillo en Villagracia de Campos (Valladolid) a cargo de Don Luis de Quijada y su esposa, Doña Magdalena de Ulloa -los cuales no saben quien es en realidad-, donde recibirá clases del maestro de latín Guillén Prieto, el capellán García de Morales y el escudero Juan Galarza.En 1556, sucede un hecho trascendental, pues el Emperador entrega un documento que debe ser considerado como una cláusula secreta de su testamento, en el cual reconoce a Don Juan como su hijo,otorgándole honores de príncipe, pero no de Alteza,además de una renta entre 20 y 30.000 ducados al él y a sus descendientes. Lo más importante a señalar, es que le desposee de cualquier derecho al trono.
Su hermanastro Don Felipe sabe de su nacimiento en 1556, dos años antes de la muerte de su padre. A los 11 años conoce a su padre, más bien su padre lo conoce a él, porque él no sabrá que lo es hasta después de su muerte. Según la “Historia de la Orden de San Jerónimo” del Padre Sigüenza (1544-1606),“… debió de hablarle su padre como pudiera hablar a otro niño de los que por allí cruzaban”.
Después del fallecimiento del emperador, la princesa Juana, regente en ausencia de Felipe II, pidió conocer al niño, el encuentro de produjo en Valladolid en mayo de 1559, coincidiendo con un auto de fe. Su medio hermano Felipe lo hizo a mediados de septiembre de 1559.
Felipe II, siguiendo las indicaciones de su padre Carlos, expresadas en el codicilo de 1554, reconoció al niño como miembro de la familia real. Le cambiaron el nombre por Don Juan de Austria. Se le otorgó casa propia, a cuyo frente puso a don Luis de Quijada.
Completó su educación en la Universidad de Alcalá de Henares en compañía del hijo de Felipe II, el infante Don Carlos, y Alejandro Farnesio, hijo de Margarita de Parma (a su vez, hija natural o bastarda de Carlos V).
Hacia el año 1565, la isla de Malta por su ubicación geográfica era una pieza clave en el control del Mediterráneo. Por aquellos días los caballeros de la Orden de Malta están llevando a cabo un defensa de la isla. El Rey prepara una escuadra para ir en su ayuda. Don Juan solicitó permiso al Rey para unirse a la armada, pero le fue denegado por considerarlo “demasiado mozo” –tiene 17 años-. A pesar de ello, don Juan escapó de la corte y se dirigió a Barcelona, sin poder alcanzar la flota. Sólo una carta de su hermano le hizo desistir de su plan de cruzar por el sur de Francia hasta llegar a tierras italianas para alcanzar la flota de García de Toledo.
El joven de Austria participará en la Guerra de Granada, al mando de las tropas con el cargo de Capitán General. Dos años después, en 1571, se alzará como General de la flota mediterránea, y vencedor de Lepanto; conquista Túnez, y finalmente, en 1576, Felipe II le nombra Gobernador de os Países Bajos.