Don Juan de Austria nunca llegó a casarse pero se le atribuyeron numerosas aventuras amorosas. Aunque con respecto a la descendencia que tuvo con ellas, al igual que su padre había hecho con él, las dejó a cargo de otras personas. Entre su lista de mujeres podemos encontar los nombres de: María Ana de Mendoza, Diana de Falangola, Ana de Toledo, María Estuardo e incluso la reina Isabel de Valois.
Sabemos de la existencia de la siguiente descendencia:
- Doña María Ana de Austria (1.568- 1.629). Fruto de una relación amorosa secreta con María de Mendoza. Felipe II mandó que fuese enclausrada en el convento de Madrigal de las Altas Torres.
- Giovanna d’Austria di Branciforte. Se casó con Franceso Branciforte e Barrese, príncipe de Pietraperzia, marqués de Militello y conde de Mazzarino.