Como se puede observar en su obra Prodomus Theatri Botanici (1620), las descripciones de Bauhin son precisas y fruto de una identificación. El número de plantas que logró describir se elevaban a 6.000, frente a las 500 propuestas por Fuchs.
Para realizar su investigación, utilizó una nomenclatura binomial, aunque este sistema no lo inventó él, sino que ya había aparecido antes en un manuscrito del siglo XV (Circa Instans). En su obra Pinax Theatri Botanici (1623) hizo una exposición minuciosa de los sinónimos empleados por los botánicos anteriores y enumeró las plantas descritas según su procedencia, partiendo de las formas menos perfectas, como las hierbas o las liliáceas.
