Hay que destacar que en estos momentos se desconocían muchos datos de las plantas, como la importancia de la hoja en la nutrición. El centro del calor vital era el meollo, y Andrea Cesalpino sostuvo que era también a partir del meollo de donde se producían las semillas. Según sus principios dividió las plantas:
- Según la naturaleza del tallo que conducía los materiales nutritivos en plantas leñosas y herbáceas.
- Dentro de estos grupos, según los órganos de la fructificación.
En este punto comenzó con los hongos, que sostenía que no tenían semilla, sino que se engendraban espontáneamente de las sustancias en corrupción; de ahí, pasó a los helechos, que se propagaban por una especie de la lana y luego las plantas con verdaderas semillas. Clasificó estas últimas según el número, posición y forma de las partes del fruto, con subdivisiones basadas en raíces, tallo y hoja. Cesalpino defendía que las características como el olor, gusto, color o las propiedades medicinales eran meras coincidencias.