El intento de este científico por deducir una clasificación natural de los principios que había supuesto condujo a resultados lamentables. La distinción entre monocotiledóneas y dicotiledóneas era menos clara que con los herboristas, y de as 15 clases que hizo, sólo una, las umbelíferas, corresponde a lo que ahora sería reconocido como un grupo natural. Sin embargo, su sistema se basaba en un saber considerable y en principios claros que, aunque erróneos, iban a ser introducidos en el estudio de las plantas.
El primero en criticar y desarrollar los supuestos de Cesalpino fue Joachim Jung (1587-1657), un profesor alemán de medicina. Éste aceptó la idea de que la nutrición era la función fundamental y basó su idea de la especie en reproducción. Realizó un gran avance estudiando la morfología independiente de la fisiología.
