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Debemos destacar primeramente que ni Joachim Jung ni Andrea Cesalpino tuvieron mucho influjo sobre sus contemporáneos, que siguieron dedicando sus energías a las descripciones empíricas y a acumular especies de plantas.

Fue solamente a finales del siglo XVII cuando los botánicos reconocieron una vez más la necesidad de un sistema natural de clasificación e intentaron fundamentarlo en la Morfología Comparada. La culminación de sus intentos y esfuerzos la encontramos en el sistema de Linneo, el cual reconoció su deuda respecto a Cesalpino y Jung. Cuando la Clasificación Natural llegó a exigir una explicación, ésta le fue suministsrada por la Teoría de la Evolución Orgánica.

El Sistema de Linneo

Joachim Jung realizó unas definiciones precisas de las partes de las plantas, para las que utilizó las distinciones lógicas desarrolladas por los escolásticos tardíos y sus propias dotes matemáticas. Fueron el fundamento de la Morfología Comparada.

Por ejemplo, definió el tallo como la parte superior de la planta que se extendía hacia abajo, que no se podía diferenciar en él el frente y los lados, mientras que en una hoja las superficies limitadoras hacia las que se extendía desde su punto de origen eran distintas unas de otras. Las superficies interna y externa de una hoja estaban así distintamente organizadas, y esto permitía que las hojas compuestas pudieran ser diferenciadas de las ramas.