Para comprender la obra, es absolutamente necesario conocer tanto los antecedentes como el presente histórico del momento en el que publicó la obra de Locke (1689-1690), ya que su publicación está ampliamente relacionada con los acontecimientos producidos durante esos años. En todo caso, al margen de los aspectos políticos de la historia de Inglaterra, en este caso nos vamos a centrar en los aspectos religiosos (aunque es imposible no mencionar el asunto político).
Se comienza a observar, ya desde el reinado de Isabel I, pero sobre todo durante los dos reinados de la dinastía de los Estuardo, un movimiento de repulsa hacia la iglesia anglicana y hacia los valores que ella encarnaba: autoritarismo y tradicionalismo. La rebeldía cristalizó en torno al movimiento puritano, cuyos ataques a la iglesia anglicana se hicieron en nombre de la independencia eclesiástica y de los principios presbiterianos de gobierno eclesiástico.
Estos fueron los principios con los que finalmente Cromwell salió victorioso en su revolución (1649). El protectorado de Cromwell significó (en materia religiosa) el reconocimiento de facto de las restantes sectas protestantes. Así, debido a esta semitolerancia, durante la etapa de Cromwell se vivió un cierto pluralismo eclesiástico fundado sobre una vida espiritual y sobre el reconocimiento de los derechos de la conciencia.
Tras la revolución puritana, los ingleses volvieron a aceptar el regreso de la monarquía (en 1660). A pesar del regreso, el tema del catolicismo siguió siendo un gran tabú, pese a los esfuerzos de Carlos II y de Jacobo II. El parlamento supo sacar provecho de todo ello para imponerse.
Rápidamente todas las costumbres que fueron impuestas por los puritanos (en materia religiosa y en la vida social) fueron abolidas. Con todo esto, en 1661 Carlos II contaba con un parlamento integrado casi exclusivamente por sus partidarios (el Parlamento caballero). Posteriormente, debido a varios problemas nacionales e internacionales, Carlos II se vio obligado a formar otro gobierno el llamado gobierno cabal). En el año 1672, el rey trató de imponer al parlamento una política de indulgencia hacia los católicos, pero resultó un fracaso (además hay que recordar que Carlos II era un firme partidario de la restauración de la Iglesia católica en Inglaterra). Tras este fracaso, en 1763 se estableció en Act of Test (llamada también Ley de Pruebas) por la cual se imponía a todo candidato a empleo público una profesión de fe anticatólica y la comunión en el seno de la Iglesia Anglicana.
Comenzaba a verse así un duro enfrentamiento entre el Rey y su parlamento, lo que hizo surgir claramente las dos tendencias dentro de este mismo: Tories, conservadores y partidarios de la prerrogativa real, y Whings, liberales favorables al parlamento y contrarios al futuro sucesor Jacobo II.
Finalmente, a pesar de todos los problemas, Jacobo II accedió al trono. A fin de fortalecer su poder, el rey trató de atraerse a los disidentes (católicos y puritanos). Para ello no dudó en hacer uso de la prerrogativa regia de suspender las leyes aprobadas por el Parlamento. Así, el rey se negó a aplicar el citado Act of Test y trató de imponer una política de indulgencia hacia los católicos (declaración de indulgencia). Pero como consecuencia de todo esto, el Parlamento no tardó en manifestar su oposición a una política que “identificaba la causa del catolicismo romano con la causa del despotismo”.
Para este momento la iglesia anglicana había tomado ya una posición contra el rey. A fin de neutralizar los efectos de la declaración, los anglicanos prometieron apoyar una ley que garantizase la tolerancia a los puritanos (únicamente) una vez que se reuniese un Parlamento libre. Con todo esto se produjo la llamada Gloriosa Revolución de 1688, por la que Guillermo de Orange, Estatúder de las Provincias Unidas, se convertía en Guillermo III de Inglaterra.
Se puede decir que la Revolución de 1688 constituyó una victoria sobre el fanatismo religioso y político y debe considerarse como una reconciliación, más que una división. En materia religiosa, la revolución significó una transacción del problema religioso entre los partidos que fue concebida con la suficiente amplitud para proporcionar la paz religiosa al país. Así en definitiva, la tolerancia terminó por abrirse paso en las leyes, destacando la Toleration Act (acta de tolerancia), la cual concedía algunas libertades a los protestantes disidentes.
Conocido ya algo sobre la historia del momento, se puede comprender mejor cual fue la importancia de la obra de Locke dentro de todo este contexto (destaca así en estos episodios la importancia que tuvieron tres de las obras principales de Locke: Carta sobre la Tolerancia ,Tratados sobre el gobierno civil y Ensayo sobre el entendimiento humano).