El padre de Felipe II fue Carlos de Austria o de Habsburgo, conocido como Carlos I (V del Sacro Imperio Romano), rey de España (1516-1556) y, como Carlos V, emperador del Sacro Imperio Romano Germánico (1519-1558)
Hijo de Felipe de Habsburgo (el Hermoso) y de Juana de Castilla (la Loca). Durante la celebración de un gran baile en el palacio Casa del Príncipe, la archiduquesa, Juana sintió los primeros dolores de parto. A las pocas horas, las tres de la madrugada del día 24 de febrero del año 1500, la hija de los Reyes Católicos, dio a luz al segundo de sus hijos, el que habría de ser heredero de las coronas de Castilla y Aragón, de las Casas de Austria y Borgoña y del Sacro Imperio Romano Germánico.
Fue bautizado con el nombre de “Carlos” en memoria de su bisabuelo Carlos el Temerario (1433-1477), último Duque de Borgoña.
Su abuelo Maximiliano le dejó los territorios centroeuropeos de Austria y los derechos al Imperio, de su abuela María heredó de Borgoña los Países Bajos, de Fernando el Católico consiguió los reinos de la Corona de Aragón, además de Sicilia y Nápoles, y de su abuela Isabel I la Corona de Castilla, Canarias y todo el Nuevo Mundo descubierto y por descubrir.
Su infancia trascurrió en la corte flamenca. Fue educado por Adriano de Utrecht. Luís de Vaca fue encargado, de enseñarle castellano. Años después, solo hablaba francés, desconocía el flamenco, chapurreaba el castellano e ignoraba el latín, aunque fue aprendiéndolos más adelante.
En 1515 se hizo cargo del gobierno de los Países Bajos, que durante algún tiempo pasó a Guillermo de Croÿ, señor de Chièvres. Cuando en 1516 su abuelo Fernando falleció, se convirtió en rey de España. En 1519 se convirtió en emperador.
Tras su llegada a España se producen una serie de reivindicaciones políticas, dando lugar al levantamiento de las Comunidades (1520-1521). Las principales ciudades castellanas se unieron en una revuelta. El memorial de agravios (Constitución de Ávila) dirigido al rey, recogía las aspiraciones de los comuneros. Éstos fueron derrotados en la batalla de Villalar (1521) que significó la sumisión de Castilla.
Casi al mismo tiempo, tuvieron lugar en Valencia los alzamientos de las Germanías o hermandades cristianas que reflejaban la protesta contra el poder de la nobleza y sus vasallos moriscos. Su destrucción (1521-1524) constituyó otra victoria. El conflicto con Francia se endurecerá al sentirse los franceses cercados por los dominios imperiales, además de tener en cuenta las reivindicaciones territoriales de Francisco I sobre Navarra y el Rosellón y de Carlos sobre Borgoña y Milán.
En 1521 España se hacía con el poder de Navarra. Francisco I ocupó personalmente el Milanesado, al ser derrotado y hecho prisionero en Pavía, prometió entregar Borgoña y retirarse de Milán. Al no llevar a cabo sus propuestas se reanudaron las luchas hasta la Paz de Crépy (1544), que confirmó prácticamente las cláusulas de Cambrai (1529), en las que Francisco I reconocía la soberanía de Carlos V sobre Artois y Flandes y retiraba sus pretensiones sobre Milán y Nápoles, mientras que Carlos I abandonaba Borgoña.
En centroeuropa intentaban contener los ataques turcos sin pasar a la contraofensiva. Carlos tuvo que luchar por el Mediterráneo occidental y penetrar en el oriental consiguiendo la conquista de Túnez (1535), aunque su fracaso en Argel (1541) afianzó las posiciones berberiscas. Su fracaso definitivo llegó tras la aparición del protestantismo en Alemania que, además de conectar con las inquietudes espirituales, aglutinó intereses económicos y políticos opuestos a los programas imperiales y dividió el Imperio en católicos y reformados.
Carlos I decidió actuar con la fuerza contra los protestantes, que habían formado la Liga de Esmalcalda. Obtuvo la victoria en la batalla de Mühlberg (1547), aunque no logró ni la unidad política ni la religiosa. Conservó hasta el 12 de septiembre de 1556 su título imperial, pero cedió a su hijo Felipe- el futuro Felipe II- los Países Bajos (1555), España (1556) y se retiró al monasterio de Yuste, donde murió en 1558.
LA MADRE DE FELIPE II
La madre de Felipe II fue Isabel de Avis y Trastámara (Lisboa, 24 de octubre de 1503 – Toledo, 1 de mayo de 1539), también conocida como Isabel de Portugal, fue una infanta de Portugal, reina de España y emperatriz del Sacro Imperio fue esposa del rey Carlos I de España (emperador Carlos V). Isabel era la segunda hija del rey Manuel I el Afortunado y de su segunda esposa María de Aragón y Castilla (1482-1517).
En 1521 Manuel I muere y le sucede su hijo Juan III el Piadoso. Las negociaciones entre los dos países de la Península Ibérica dieron como resultado una doble unión hispano-lusa. En 1522 se acordó el matrimonio entre Juan III y Catalina de Austria, hermana menor de Carlos V. Tres años después, en 1525, es su hermana Isabel la que se uniría a Carlos I de España y V de Alemania. Este acuerdo fue muy importante desde el punto de vista económico para la monarquía hispánica, ya que la dote que Isabel aportó fue cuantiosa. Esta dote fue una de las mayores en su tiempo.
El 11 de marzo de 1526, Isabel se casó con Carlos I, teniendo ella 23 años de edad y él 26. La boda se celebró en el Alcázar de Sevilla, en el actual Salón de Embajadores. A pesar de que el matrimonio se realizó por motivos políticos, se dice que fue una pareja feliz, y tras la muerte de Isabel, Carlos no volvió a contraer matrimonio. Tuvieron cinco hijos, siendo el futuro Felipe II de España, el mayor, el único varón en sobrevivir a la niñez.
A la muerte de Isabel, Carlos I se retirará al monasterio de Santa María de la Sisla y encargará a su hijo Felipe la presidencia de la comitiva que trasladará el cadáver de la Emperatriz desde Toledo a Granada, para ser enterrada en la Capilla Real. Dirigió la comitiva Francisco de Borja como caballerizo de la Emperatriz. A la llegada a Granada, donde se debía depositar el cadáver, Francisco debía abrir el féretro para dar fe del hecho al entregarlo a los monjes que debían enterrarlo. En ese momento y al contemplar el descompuesto cuerpo de Isabel, Borja pronunció la frase «No puedo jurar que ésta sea la Emperatriz, pero sí juro que fue su cadáver el que aquí se puso». Tras esto, decidió optar por la vida religiosa y al enviudar de Eleanor de Castro, dama portuguesa de la Emperatriz, ingresó en la Compañía de Jesús.