Sin embargo, los problemas para el emperador no terminaron. El avance turco en el mar –con destrozo de la flota genovesa y veneciana (1538)− y en el Continente – con la ocupación casi completa de Hungría (1541)−, el fracaso en Argel (1541), y la revuelta de Gante (1539), dieron facilidades a Francisco I para intentar mermar aún más a su enemigo. Al mismo tiempo, la investidura en 1540 del príncipe Felipe como duque de Milán le decidió a intervenir. La alianza con los príncipes protestantes alemanes, dispuestos, sobre todo el duque de Clèves, a atacar los Países Bajos, y con Solimán II, muy fortalecido tras las últimas victorias, le proporcionó los medios. Carlos, contando al menos con la ayuda de Enrique VIII, una vez desaparecido el problema de la reina Catalina, muerta en 1536, marchó hacia los Países Bajos, derrotando al Duque de Clèves (1543), y acordó con la Dieta de Spira una tregua religiosa a cambio de la financiación de la guerra contra Francia. Pudo dirigirse entonces con las mano libres contra ésta, que con ayuda de la flota turca de Barbarroja, había sitiado Niza (1544). La invasión por la frontera norte francesa consiguió la firma de la paz en Crepy (1544), por la que Francia renunciaba a la alianza turca y a sus pretensiones sobre Nápoles y los Países Bajos, mientras que Milán se entregaría como dote a la sobrina del emperador, Ana de Austria, que casaría con el duque de Orléans, segundogénito de Francisco I, matrimonio que no llegó a efecto por la muerte del duque. Con la paz, se pudo reunir al fin el Concilio en Trento, que había tenido que ser aplazado.
A la paz de Crepy sucedió en Italia unta tregua inusitadamente larga. Los contendientes, agotados, tendrán otros problemas que atender. El emperador, el problema de los príncipes alemanes, el descontento creciente en los Países Bajos y la perenne amenaza turca. Y el nuevo rey de Francia, Enrique II (1547-1559), la guerra con Inglaterra, que terminó en 1546, y su intervención en el Imperio como aliado de los príncipes protestantes y defensor de las libertades germánicas.
La inestabilidad interna italiana no va a tardar en reproducir el conflicto, que rebrotará con motivo de la posesión de los ducados de Parma y Plasencia, que Carlos deseaba reunir a Milán para contar con las cuantiosas aportaciones económicas que esperaba de ellos. Enfrente encontró la lógica oposición de Francia, que no quería un mayor engrandecimiento de su rival, y del papa Paulo III, que los deseaba para su hijo Octavio Farnesio, casado con la hija natural del emperador, Margarita. El conflicto no tardará en solucionarse, ante la reproducción de la guerra en 1552 con los príncipes alemanes, que deseaban atajar tanto el Papa como el emperador.
En enero de ese mismo año había n firmado en Chambord un tratado de alianza militar los jefes de la Liga de Esmalcalda y el rey de Francia, que reconocía a éste el derecho a apoderarse de Cambrai, Metz, Toul y Verdún, lo que inmediatamente hizo, mientras Mauricio de Sajonia atacaba por el Tirol y los turcos aprovechaban la ocasión para avanzar por el banato de Temesvar. Carlos tuvo que huir de Insbrück y aceptar en junio de 1552 el tratado de Passau, que permitía a los príncipes protestantes el ejercicio de su religión a cambio de romper la alianza con Francia y luchar contra el truco. Con las manos libres en este sentido, el emperador se dirigió contra el ejército de Enrique II, y durante los años siguientes la guerra transcurrió con fortuna desigual. La paz de Augsburgo (1555) ratificaba en el Imperio la ruptura religiosa. Se añadieron a los conflictos de estos años el ataque francés a Córcega (1553), que era de Génova, a la que el príncipe Felipe socorrió desde España para asegurar la amistad de la fiel república italiana, y la rebelión en el mismo año de Siena, alentada por los franceses, que terminó en 1555 con la independencia de ésta. Con la mediación del Papa, y de Inglaterra, cuya reina María había desposado al futuro Felipe II en 1554, terminaron los enfrentamientos hispano-franceses en frentes tan diversos por la paz de Vaucelles de 1556, que estableció una tregua de cinco años sobre la base de statu quo en el momento inicial de la guerra, situación que beneficiaba a Francia.