Primer anem a remuntar-nos al temps de reconquesta. Cocentaina en aquest context, seria una de moltes viles que buscaven una capitulació beneficiosa, evitant així problemes a Jaume I, que tampoc els desitjava. El consell musulmà contestà va establir contactes amb les autoritats reials i els va entregar la vila a canvi d’un reconeixement dels seus drets cap a 1245. Així, Cocentaina no va patir grans trastorns amb la dominació cristiana, probablement les cosses es mantingueren com abans de la seua conquesta, inclòs la custodia del seu castell degué d’estar baix la custodia d’algun musulmà que comptaria amb la confiança del rei. El consell local li prometria fidelitat i li pagaria certa contribució al monarca y aquest, per la seua part, els respectaria els seus drets i costums. La presencia de població cristiana durant aquests anys seria nul·la, es va potenciar la permanència dels seus antics pobladors musulmans, ara convertits en mudèjars.
Però en 1247, aquesta situació de calma es va acabar i es va produir l’alçament musulmà contra la dominació cristiana, el líder va ser al-Azraq que protegit pel relleu muntanyós que envolta la seua residencia d’Alcalà, a l’est de Cocentaina, va mantindre conflicte amb les tropes cristianes fins a 1258. Així, Jaume I, es va donar conter que el domini no seria efectiu fins que no es canviara la població autòctona musulmana per altra cristiana. Amb aquest fi, es van mobilitzar les institucions estatals i eclesiàstiques concedint tot tipus d’avantatges terrenals i espirituals a tots aquells valerosos que s’arriscaren a repoblar aquestes terres de frontera. La reacció cristiana es farà patent passant a controlar, un a un, els castells sublevats. Al final només quedarà el santuari rebel d’Alcalà, per això es va traslladar Jaume I a Cocentaina que amb les seues tropes es va dirigir a l’encontre d’al-Azraq, al que va fer capitular el 8 de juliol de 1258 i aquest, es va tindre que exiliar encara que alguns dels seus seguidors encara tindrien la possessió d’importants castells.
Després d’açò, va haver un període de pau i prosperitat que va acabar per les tensions del segon alçament mudèjar de 1275, on al-Azraq va trobar la mort davant els murs d’Alcoi. Va ser una victòria cristiana però es va veure ennegrida per la derrota posterior en el barranc de la Batalla, al intentar els alcoians, reforçats, probablement pels contestans, eixir en persecució de les tropes del llegendari líder.
Al ritme d’aquests fets va anar sorgint una nova Cocentaina, passant de la Qustantaniya musulmana a la Cocentaina cristiana. La primera situada en la vessant oriental del turó del castell i el primer assentament cristià es va situar en les pròpies vivendes d’aquells musulmans que havien preferit emigrar a terres musulmanes després de la conquesta o durant el primer alçament, l’ ubicació en la vessant muntanyosa no responia a les formes de vida ni als models defensius vigents dins del món catalano-aragonés, així que feia falta buscar un nou assentament. Per a la població musulmana, Jaume I, va fundar el raval o moreria de Cocentaina, per altra banda, l’assentament cristià es va alçar sobre hortes i reals cedits a la comunitat cristiana pel monarca Jaume I. La seua planta tenia el model clàssic hipodàmic, formant un rectangle, protegit per muralles i amb portes d’accés en cadascun dels seus costats: el portal de Xàtiva, el de Travadell, el de San Jaume i el d’Alcoi. En els angles NE i NW es van situar respectivament, l’església de Santa Maria i el alcàssar o residencia dels oficials reals, els seus murs formen part de la muralla exterior. Després es van anar construint les vivendes dels contestans, els edificis destinats a servicis públics i les muralles defensives, necessitant gran part del que falta de segle. Amb el nou segle, el XIV, el recinte interior va quedar saturat i es va començar a construir a extramurs.
Cocentaina es va mantindre baix el patrimoni reial des de la seua conquesta fins a 1291, quan va ser entregada en senyoriu a Roger de Llúria, que es va convertir en el primer senyor de la vila.