Como se ha visto anteriormente, la Nueva Planta se tradujo en cambios importantes para la administración de los antiguos reinos aragoneses. El objetivo principal de estas medidas era la subordinación de la Audiencia, así como de los gobiernos municipales, a la autoridad real y el poder militar. Para ello, el nuevo monarca establecerá una serie de cláusulas de índole administrativa que alterarán por completo la situación anterior.
La primera medida fue la degradación de la Chancillería a Audiencia, supeditándola a la voluntad del capitán general. Esta figura, la del capitán, será de vital importancia en este proceso de transformación. Posee una tropa permanente, asentada en los alrededores de su circunscripción, y no tiene que rendir cuentas ante la Cámara de Castilla. Estos dos factores lo convierten en el protagonista principal del organigrama institucional, obteniendo del rey la completa hegemonía sobre su territorio.
Por otra parte, se produjo la conversión de los gobernadores de los distritos militares en corregidores. Estos tenían como función principal la de unir al capitán general con las magistraturas locales, articulándose en una vía de comunicación entre ambos poderes. Los corregidores eran además nombrados por el propio monarca y estaban al margen de las posibles intromisiones de la Audiencia o del Consejo de Castilla. Eran trece los corregimientos que podíamos encontrar en los territorios valencianos: Orihuela, Alicante, Denia, Alcoy, Jijona, Játiva, Montesa, Cofrentes, Alcira, Valencia, Castellón, Peníscola y Morella. Las competencias del corregidor pueden resumirse en autoridad militar, control de la hacienda municipal y del orden público, fijación de precios, responsable del abato de bienes de primera necesidad y, aspecto importante, la delegación de funciones públicas en alcaldes mayores o asesores letrados. Este cargo irá adquiriendo importancia progresivamente, como se ha documentado en la villa de Elche, ante la incompetencia de los corregidores en asuntos jurídicos y el absentismo de estos últimos.
Finalmente, otra pilar fundamental de la nueva administración, producto de los anteriores, es el fin de la autonomía de los municipios. El monarca nombrará a los regidores, de carácter vitalicio, en base a las propuestas de la Audiencia (que serán principalmente oligarcas locales); y por otra parte, los corregidores y alcaldes mayores ejercerán un férreo control de las deliberaciones del gobierno municipal y la gestión de rentas y bienes propios.