En primer lugar, debemos señalar que Leonardo no fue escolástico ni confió a ciegas en la autoridad clásica, tal y como hicieron muchos de los hombres del Renacimiento. Sólo admitía como verdaderos los métodos científicos, la observación de la naturaleza y la experimentación. Según su opinión, el conocimiento de los escritores antiguos tenía utilidad como base, pero no como objetivo final.

Además, se emancipó totalmente de los prejuicios teológicos, denunciando los abusos eclesiásticos y los absurdos que se habían convertido en parte integrante del sistema de la iglesia. Por lo tanto, Leonardo destaca sobre todo, por su mentalidad abierta. Sin embargo, aceptó la doctrina cristiana como molde exterior visible de su vida interior espiritual.

Personalmente, adoptó como postura filosófica un panteísmo idealista, cuya luz veía en todas las cosas del espíritu del universo.