La tercera esposa de Felipe II será francesa, fruto del Tratado de Cateau-Cambresis que pone paz entre España y Francia en 1559. Esta es la razón por la que se conoce popularmente a la reina como Isabel de la Paz. Isabel había nacido en Fontainebleau el 13 de abril de 1546. Era hija de Enrique II de Francia y Catalina de Médicis
La boda se celebró por poderes el 22 de junio de 1559, en la catedral de Notre Dame de París, representando al novio el todopoderoso duque de Alba. Al ser costumbre en la corte francesa acostar a los desposados en la noche de bodas y faltar el novio, tuvo que ser su representante quien realizara el acto. Para ello, don Fernando llegó a la alcoba regia, hizo una reverencia a los invitados presentes y tomó simbólica posesión del tálamo colocando una pierna y un brazo sobre la cama donde observaba la joven Isabel. Con motivo de las fiestas celebradas se produjo un luctuoso episodio ya que en una justa entre Enrique II y el caballero Montgomery, la lanza de éste se parte y se introduce en el ojo del rey, lo que provocará su muerte diez días después.
El 6 de enero de 1560 llega el séquito de Isabel a Roncesvalles, dirigiéndose a Guadalajara donde la espera Felipe. El 2 de febrero se celebra la misa de velaciones y los esposos se encierran en la cámara nupcial, sin dar tiempo al obispo de Pamplona de bendecir el tálamo, lo que tuvo que hacer desde la puerta. Resulta fácil imaginar que aquella noche nada ocurrió ya que la reina tenía trece años y aún jugaba a las muñecas por lo que se decidió posponer la consumación del matrimonio, a pesar de las reticencias de Felipe.
Era costumbre en las cortes europeas airear las primeras menstruaciones de las infantas y princesas por lo que conocemos la fecha exacta de la primera regla de Isabel: el 11 de agosto de 1561, a la edad de 15 años y cuatro meses. En este último año la joven había crecido bastante y su belleza era comentada en toda la corte. Desde ese momento se inician los contactos sexuales entre los cónyuges. Los embajadores franceses escriben a Catalina de Médicis que “la constitución del rey causa graves dolores a la reina, que necesita mucho valor para evitarlo”. Isabel padece fiebre y erupción durante una estancia en Toledo, temiéndose que fuera la temible sífilis la enfermedad que afectaba a la reina. Afortunadamente se trató de una viruela y para evitar que en el atractivo rostro de Isabel quedasen marcas, se le embadurnó con clara de huevo y leche de burra, mientras que los médicos franceses aplicaron nata y sangre de paloma en los ojos para un mejor cuidado.
En 1561 la corte se instalaba definitivamente en Madrid y los monarcas estrechaban su felicidad, a pesar de que dormían y comían separados. Isabel se consideraba una de las mujeres más felices del mundo. En mayo de 1564 llega el anuncio del embarazo de la reina. Tres meses más tarde abortaba gemelos. La primeriza Isabel sufrió muchísimo con este parto, llegando al punto de perder la esperanza los médicos de salvar a la paciente. Afortunadamente, un galeno italiano purgó a la enferma y consiguió su salvación. En la calle, la curación fue interpretada como un milagro ya que todo el pueblo rezó para la salvación de su soberana. Se apunta a una posible relación adúltera de don Felipe con una dama de honor de la princesa Juana llamada Eufrasia de Guzmán, lo que recordó a Isabel los amores de su padre con Diana de Poitiers. Pero sería el propio Felipe quien rápidamente abandonó esta aventura para mantenerse fiel a su esposa, llegándose a apuntar que fue Isabel la única esposa amada por el rey prudente.
Ante el delicado estado de salud de la reina, los médicos recomendaron baños a lo que ella se opuso por el pudor provocado al mostrarse desnuda, ni siquiera ante sus ayudas de cámara. La descendencia no llegaba y se utilizó un método sobrenatural al traer los restos incorruptos de San Eugenio, mártir y primer arzobispo de París, desde Saint Denis hasta Toledo. Isabel imploró al santo la solución a su infertilidad y a finales de diciembre de 1565 se anunciaba el embarazo. El parto tuvo lugar en Valsaín, el 12 de agosto de 1566, naciendo una niña que fue llamada Isabel Clara Eugenia. Felipe pretendió llevar a su hija hasta la pila bautismal por lo que ordenó la construcción de un muñeco con el que se entrenaba en su cámara. No seguro de realizar correctamente tan delicada misión, el rey eligió a su hermano don Juan de Austria. Isabel Clara Eugenia se convertirá en la favorita de Felipe, siendo una estrecha colaboradora para su padre.
En el mes de febrero de 1567 se reciben noticias de un nuevo embarazo. El 6 de octubre de ese año nacerá una nueva niña llamada Catalina Micaela. Tras el parto Isabel sufrió un peligroso acceso febril que fue atribuido a la subida de la leche por lo que se aplicó jugo de perejil en los pezones de la reina con el fin de ayudar a la subida.
El delicado estado de salud de Isabel en mayo de 1568 hace pensar en un nuevo embarazo. Las fiebres, los mareos, vértigos y sensaciones de ahogo eran continuos por lo que se la rodeó de todo tipo de cuidados para evitar el aborto. El 3 de octubre de ese año Isabel expulsaba un feto de cinco meses y al poco tiempo fallecía, sin haber cumplido los 23 años.
