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El intento de este científico por deducir una clasificación natural de los principios que había supuesto condujo a resultados lamentables. La distinción entre monocotiledóneas y dicotiledóneas era menos clara que con los herboristas, y de as 15 clases que hizo, sólo una, las umbelíferas, corresponde a lo que ahora sería reconocido como un grupo natural. Sin embargo, su sistema se basaba en un saber considerable y en principios claros que, aunque erróneos, iban a ser introducidos en el estudio de las plantas.

El primero en criticar y desarrollar los supuestos de Cesalpino fue Joachim Jung (1587-1657), un profesor alemán de medicina. Éste aceptó la idea de que la nutrición era la función fundamental y basó su idea de la especie en reproducción. Realizó un gran avance estudiando la morfología independiente de  la fisiología.

Hay que destacar que en estos momentos se desconocían muchos datos de las plantas, como la importancia de la hoja en la nutrición. El centro del calor vital era el meollo, y Andrea Cesalpino sostuvo que era también a partir del meollo de donde se producían las semillas. Según sus principios dividió las plantas:

1. Según la naturaleza del tallo que conducía los materiales nutritivos en plantas leñosas y herbáceas.
2. Dentro de estos grupos, según los órganos de la fructificación.

En este punto comenzó con los hongos, que sostenía que no tenían semilla, sino que se engendraban espontáneamente de las sustancias en corrupción; de ahí, pasó a los helechos, que se propagaban por una especie de la lana y luego las plantas con verdaderas semillas. Clasificó estas últimas según el número, posición y forma de las partes del fruto, con subdivisiones basadas en raíces, tallo y hoja. Cesalpino defendía que las características como el olor, gusto, color o las propiedades medicinales eran meras coincidencias.

El científico que hizo posible reducir toda la información que desarrollaron sus contemporáneos (la morfología, estructuras, la acumulación de todas las especies…) a un cierto tipo de orden racional fue el italiano Andrea Cesalpino, que fue profesor de Medicina en Pisa y en Roma, siendo médico del Papa Clemente VIII.

Andrea aportó a la botánica no sólo el conocimiento floral, sino también el interés por la morfología detallada de las partes independientes de las plantas y una mente aristotélica capaz de hacer generalizaciones.

Sus propuestas se publicaron en su obra De Plantis (1583), donde explicó las afinidades reales o sustanciales entre las plantas desde el principio aristotélico, donde la causa final de la actividad vegetativa era la nutrición, y la reproducción de la especie era una simple extensión de ella.