-Las primeras medidas: enterramientos extamuros y morberías:

A finales de octubre de 1647, la peste era ya dueña de Valencia. Las parroquias se vieron desbordadas en la recogida de los muertos, por lo que la ciudad puso a su disposición unos carros para facilitar su labor. La medida no solucionó el problema. Los cementerios de la urbe acabaron saturándose. Por esta razón se prohibieron los enterramientos intra muros, habilitándose para ello un terreno al sur de la ciudad, cerca del Hospital General.

Otro instrumento fundamental para atajar la enfermedad fue la creación de morberías a donde podrían trasladar y cuidar a los apestados. El primero que entró en funcionamiento fue el de Arrancapins, asistido por los descalzos de San Juan de la Ribera, mínimos y trinitarios. A este siguieron otros situados en diferentes distritos de la ciudad: el de Troya, situado en el arrabal de San Vicente, atendido por dominicos; el del Huerto de Arguedes, junto al portal de la Corona, del que se ocuparon franciscanos y jesuitas, el de la calle Morvedre atendido por capuchinos etc.

-Las Juntas de Sanidad:

Avanzado el mes de noviembre, las ya disminuidas arcas municipales, no podían sostener los gastos provocados por la peste. La Ciudad no tuvo más remedio que pedir ayuda al conde de Oropesa, organizándose a consecuencia de ello la primera Junta de Sanidad. El virrey y el arzobispo la presidirían, y estaría integrada por otros representantes de la corona, del Municipio y de la Iglesia.

La junta se reunió en la Sacristía de la catedral, tan solo en dos ocasiones. En la primera se planteó la situación desastrosa en la que se encontraba Valencia, con muy precarios recursos y sin nadie que pudiera socorrerla financieramente (puesto que los nobles hacía tiempo que habían salido de la ciudad). En la segunda sesión, se propusieron varios remedios para sanear la hacienda municipal. Sin embargo, las rivalidades surgidas en la junta entre el virrey y los jurados  llevaron al conde de Oropesa a disolverla.

Pero la necesidad  de dar curso a las medidas aprobadas para afrontar los gastos ocasionados por la enfermedad, obligó a que el 22 de noviembre se formara una segunda Junta de Sanidad compuesta por los mismos integrantes aunque con mayor representación municipal. Todos sus miembros acordaron que, para que no hubiera malentendidos, los fondos procedentes de los recursos arbitrados, en lugar de ser depositados en la Taula, se guardaran en la sacristía de la seo, en un arca cerrada por 3 llaves, una en poder del arzobispo, otra custodiada por el jurado en cap de los ciudadanos, y una última en poder del encargado de los censos.

El itinerario de la peste en el siglo XVII

La interpretación que la sociedad del Seiscientos hacía de las calamidades  como epidemias y catástrofes naturales, estaba relacionada con la mentalidad teocrática imperante en la época. Las aflicciones eran así enviadas por Dios para castigar por los pecados cometidos colectivamente. Hacia 1647, muchos valencianos parecían haber cometido suficientes errores en los últimos años como para desatar la cólera divina. Entre finales de junio y principios de julio, la peste se presentará en la capital, empeorando  una ya más que evidente crisis.

Procesiones y plegarias:

La peste llegó a Valencia a bordo de un barco mercante procedente de Argel. Las autoridades sin embargo se resistieron en principio a aceptar la realidad ya que el hacerlo suponía aislar a la ciudad. De esta forma  hasta finales de verano no se adoptarán más que unas pocas medidas preventivas encaminadas a evitar el contagio de las personas que entraban en la capital, además de otras medidas para mejorar las condiciones higiénicas de la urbe. El virrey intentará ocultar la verdadera causa de las muertes al rey pero los nobles comenzarán a huir de la ciudad, aterrados por la extensión de la enfermedad.

A comienzos del otoño el pánico se había apoderado de la ciudad. Los valencianos, desesperados, buscaron refugio en la Iglesia. Esto motivó que el arzobispo (fray Isidoro de Aliaga) tomara algunas decisiones como reforzar el clero de las parroquias con frailes de varios conventos para poder atender al espectacular aumento de demanda de administración de sacramentos.

A los clérigos se les dará una serie de indicaciones  para evitar el contagio: vestir sotanas de bocacín y manteo y hacerse acompañar de un seglar  con báculo y un hacha, que encenderían al entrar en la casa de los enfermos y moribundos para oírles en confesión.

Además el arzobispo  autorizó la celebración masiva de procesiones. La Compañía de Jesús, los mercedarios, el Municipio, la cofradía de la Sangre, la parroquia de Santa Catalina, el Estudi General, entre otros, recorrían día tras día las calles y plazas implorando misericordia. Sin embargo, estas continuas aglomeraciones de gente solo contribuyeron a extender aun más la enfermedad.