Los nuevos valores surgidos en el Renacimiento impregnaron las distintas manifestaciones humanas y fueron objeto de estudio. Las órdenes religiosas no quedaron indiferentes a ello, más bien todo lo contrario, como es el caso de la Compañía de Jesús, que planteó públicamente importantes consideraciones sobre un tema tan controvertido como el de la libertad y la voluntad humanas y su relación con Dios, cuyo planteamiento quedaba inmediatamente resuelto en el medioevo aludiendo a la predestinación.
La confrontación de opiniones entre jesuitas y dominicos dio lugar a la polémica de auxiliis divinae gratiae. Ésta tuvo su origen en la publicación de la Concordia liberi arbitrii cum gratiae donis del jesuita Luis de Molina. Entre los opositores a sus teorías destacaron los dominicos al mando de Domingo Báñez, quien publicó como respuesta la conocida como Apología de los hermanos dominicos. El caso generó tal revuelo que pasó a la Inquisición y, de ésta, al Papa. Fue con Paulo V con quien se resolvió el enfrentamiento (que no la polémica propiamente dicha) aceptando la defensa de ambas posiciones y prohibiendo su calificación de herejías.
La doctrina de Molina se basaba en la idea de un “concurso simultáneo” según el cual Dios y el ser humano estarían coordinados. Y es que tras considerar distintos tipos de conocimiento que podría tener Dios sobre todo cuanto existe, los diversos posibles y su compaginación con la voluntad humana, Molina llegó a establecer que la divinidad estaría dotada de una “ciencia media” (un tipo de conocimiento) según la cual conocería de antemano lo que el ser humano, libremente, realizará en unas circunstancias concretas en las que la divinidad lo habría dispuesto. Esa libertad permitiría al hombre (aunque en unas circunstancias predeterminadas) orientar sus acciones al bien o al mal.
La tesis del dominico Báñez, por su parte, se basaba en la “premonición física“, un influjo que recibía el hombre por parte de Dios que lo llevaría a actuar de una u otra manera según la predeterminación por Aquél. Mas, simultáneamente a la realización de un acto, se produciría “sólo” en el pensamiento la posibilidad de contrariar la premonición física, algo inviable por su predeterminación (de ahí el calificativo física de la premonición). Sería, pues, en la conciencia de los distintos posibles en la realización de los actos (predeterminados) donde residiría la libertad humana, variando así esta teoría con respecto a la indiferencia del puro determinismo.
Este último tratamiento de la libertad humana resulta poco consistente dadas sus condiciones. Mas, si bien el molinismo tampoco tendría una consistencia plena por cuanto implicaría la limitación de la omnipotencia divina (clara contradicción), pues con nuestros buenos actos estaríamos obligando a Dios a salvarnos (véase esta idea-aporía más desarrollada en F. M. Pérez Herranz, “7.3. Los méritos de los hombres no pueden obligar a Dios”, en Árthra hê péphyken: Las articulaciones naturales de la filosofía, Universidad de Alicante, 1998), el hecho de proponer una teoría sobre la cuestión de la justificación tan arriesgada con respecto a la predestinación medieval y, contemporáneamente a los jesuitas, dominica y protestante (sus diferencias con la predestinación apenas existen), supone ya una clara influencia de los nuevos valores modernos que exaltaban la libertad del ser humano. En este sentido, la Compañía de Jesús desarrolló un papel muy significativo en los ideales contrarreformistas, tanto por su apoyo a la teoría molinista como por la ejemplificación de la misma, orientada a su vertiente positiva, en su propio testimonio vital.